Edukację muzyczną rozpoczęła grą na skrzypcach (szkoła muzyczna I i II stopnia). Ukończyła Uniwersytet Muzyczny Fryderyka Chopina, Wydział Instrumentalno – Pedagogiczny w Białymstoku. W 2008 roku ukończyła dyrygenturę chóralną, w 2011 roku uzyskała dyplom z wyróżnieniem w klasie śpiewu solowego prof. Ewy Iżykowskiej.

Warsztat wokalny kształciła również podczas kursów z wybitnymi śpiewakami, m.in.: Anitą Garancią, Olgą Pasiecznik, Izabelą Kłosińską, Markiem Rzepką. Jest laureatką konkursów wokalnych: Konkursu im. Karola Kurpińskiego – III nagroda i nagroda specjalna Akademii Operowej TW – ON (2011), III Ogólnopolskiego Konkursu Wokalnego w ramach 3. Letniej Akademii Śpiewu – III nagroda i nagroda publiczności (2011), VI Ogólnopolskiego Konkursu Wokalnego Złote Głosy – III nagroda i nagroda specjalna Związku Artystów Scen Polskich (2011), X Międzynarodowego Festiwalu Belcanto w Nałęczowie (2012) – Złoty Słowik i nagroda publiczności, nagrody Międzynarodowego Festiwalu Muzycznego w Brześciu (2013), Konkursu Moniuszkowskiego Pieśń wieczorna w Białymstoku – III nagroda (2015), I Międzynarodowego Konkursu Wokalnego Viva Calisia – III nagroda, nagroda Filharmonii Kaliskiej oraz nagroda „za prawdę sceniczną” (2018), wyróżnienia oraz trzech nagród specjalnych (przewodniczącego jury Kazimierza Kowalskiego, nagrody redaktora Dariusza Stańczuka, nagrody dla najpiękniej śpiewającej mamy) na Międzynarodowym Konkursie Operetkowym im. Iwony Borowickiej w Krakowie (2018); stypendystka Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego 2010/11. W 2020 r. wspólnie z Rafałem Sulimą otrzymała stypendium artystyczne prezydenta Ełku.

Podczas studiów zadebiutowała jako Halka w operze S. Moniuszki na scenie Teatru Wielkiego – Opery Narodowej (reż. N. Babińska), wystąpiła też w roli Hrabiny w Weselu Figara W. A. Mozarta w reż. P. Aignera na scenie Białostockiego Teatru Lalek.

Od 2007 roku współpracuje z Zespołem Muzyki Dawnej Diletto Anny Moniuszko, z którym wykonała wiele dzieł oratoryjnych i operowych. Kreowała m.in. postać Serpiny w operze La serva padrona G. B. Pergolesiego, Tytanii w The Fairy Queen H. Purcella (oba dzieła w reż. S. Chondrokostasa), Lisetty w Il cavaliere per amore N. Picciniego (reż. P. Chomczyk), Dydony w Dydonie i Eneaszu H. Purcella, Bastienne w Bastien i Bastienne W. A. Mozarta.

Wielokrotnie występowała na scenie Opery i Filharmonii Podlaskiej – wzięła udział w koncercie inaugurującym sezon artystyczny 2020/21, wykonując partię solową w Mszy koronacyjnej W. A. Mozarta pod batutą M. J. Błaszczyka; koncertach wieńczących sezon artystyczny 2019/20, koncercie kameralnym „Od gór i pól” z Kwartetem Dworskim, gali operowej z okazji 65-lecia instytucji, wcieliła się w rolę Arseny w Baronie cygańskim J. Straussa (dyr. Bassem Akiki); zainaugurowała sezon OiFP 2018/19 wykonując partię solową w Angelusie W. Kilara (dyr. M. J. Błaszczyk). Na koncercie wieńczącym sezon artystyczny Filharmonii Częstochowskiej 2018/19 zaśpiewała partię Hanny w operze Straszny dwór Stanisława Moniuszki. Brała udział w koncercie finałowym festiwalu Gaude Mater 2019 w Częstochowie (Symfonia Pieśni Żałosnych H. M. Góreckiego oraz Angelus W. Kilara) pod dyr. A. Klocka. Z Brandenburską Orkiestrą Państwową i zjednoczonymi chórami z Polski, Białorusi i Niemiec wykonała Te Deum W. Kilara pod dyr. M. Wolińskiej.

Małgorzata Trojanowska współpracuje ze znakomitymi dyrygentami i zespołami filharmonicznymi w całej Polsce: M. J. Błaszczykiem, B. Akiki, R. Kłoczko (Opera i Filharmonia Podlaska), J. Salwarowskim (Filharmonia Częstochowska), Cz. Grabowskim (Filharmonia Zielonogórska), J. Swobodą (Filharmonia Dolnośląska w Jeleniej Górze), J. M. Zarzyckim (Filharmonia Kameralnej w Łomży), P. Wijatkowskim (orkiestra UMFC), A. Klockiem (Filharmonia Kaliska, Częstochowska), M. Kluczyńską (orkiestra UMFC oraz TW – ON), Z. Gracą, A. Sosnowskim (Białoruś), N. Pavilionisem (orkiestra OiFP), P. Deptuchem, M. Wolińską, N. Athineosem (Brandenburska Orkiestra Państwowa).
W swoim repertuarze ma partie solowe dzieł oratoryjnych, m.in.: Weihnachtsoratorium, Magnificat, kantaty BWV 196, 199, 211 J.S.Bacha, Gloria i Magnificat A. Vivaldiego, Jephte G. Carissimiego (Filia), Stabat Mater J. B. Pergolesiego, Gesu al Calvario J. D. Zelenki, Brockes Passion G. F. Haendla, Requiem, Msza koronacyjna, Exultate jubilate W. A. Mozarta, Oratorium na Boże Narodzenie C. Saint – Saënsa, IX Symfonia L. Van Beethovena, Pory roku J. Haydna, Quo vadis F. Nowowiejskiego, Stabat Mater oraz Requiem C. Jenkinsa, Te Deum, Angelus W. Kilara, Symfonię pieśni żałosnych H. M. Góreckiego.

Uczestniczyła w prawykonaniach utworów współczesnych kompozytorów polskich. Są wśród nich: Sielanki – cykl pieśni na motywach ludowych (Szymon Kowalczyk – fortepian) oraz oratorium Dziedzictwo na chór dziecięcy i mieszany, solistów i orkiestrę (dyr. V. Miłkowska) Tadeusza Trojanowskiego, Anioły na głosy solowe, chór i zespół instrumentalny Jana Krutula (dyr. V. Miłkowska), Stabat Mater Marcina Nagnajewicza z chórem dziecięcym i orkiestrą Opery i Filharmonii Podlaskiej (dyr. E. Rafałko). Brała udział w nagraniach: rekonstruowanych dzieł dawnych kompozytorów polskich – „Dawni mistrzowie – nowo odkryci” (dyr. A. Moniuszko), Mszy S. Ziemianowskiego (dyr. A. Olszewska), pieśni i arii W. A. Mozarta (M. Krassowski – fortepian), pieśni pasyjnych z zespołem wokalnym Pro opere (dyr. E. Rafałko). W marcu 2020 uczestniczyła w prawykonaniu utworu i nagraniu płyty Psalmy dla niezłomych G. Bogdana. W sierpniu 2020 r. ukazała się płyta „Głos duszy” z utworami poświęconymi Najświętszej Maryi Pannie, nagrana wspólnie z Rafałem Sulimą (organy).

Małgorzata Trojanowska gości na festiwalach muzycznych: Muzyka Mistrzów Baroku (Białystok), Festiwal Sztuk Dawnych (Białystok), Koncerty przed hejnałem (Białystok), Muzyczne Dni Drozdowo – Łomża, Salezjańskie Lato Muzyczne (Przemyśl), Belcanto (Nałęczów), Forum Musicum (Wrocław), Świętolipskie Wieczory Muzyczne, Sacrum et Musica (Łomża), Legionowski Festiwal Muzyki Kameralnej i Organowej, Gdański Festiwal Muzyczny, Festiwal Muzyki Operowej i Operetkowej w Ciechocinku, Ełckie Koncerty na Bulwarach i in. Współpracuje ze znakomitym pianistą – kameralistą Robertem Maratem, z którym występuje podczas koncertów kameralnych. Koncertuje także wraz z mężem, Sylwestrem Trojanowskim (organy) oraz Rafałem Sulimą (organy), sięgając po repertuar oratoryjny i sakralny.